Trường Đại học Kinh tế đang đào tạo 02 chuyên ngành Tiến sỹ Kinh tế: Kinh tế nông nghiệp và Quản  trị Kinh doanh, và 03 chuyên ngành Thạc sỹ Kinh  tế: Kinh  tế nông nghiệp, Quản trị Kinh doanh và Kinh tế chính trị.Trong những năm qua, số lượng học viên cao học và Nghiên cứu sinh của Trường ngày càng tăng. Hiện nay, mỗi năm Trường tuyển gần 200 sinh viên cao học và 10 nghiên cứu sinh.

    Với đội ngũ giảng dạy gồm các Giáo sư, Phó giáo sư, Tiến sĩ, trong đó đa số được đào tạo tại nước ngoài, công tác đào tạo Sau đại học đã tạo nên uy tín của Nhà trường trong đào tạo và hướng dẫn nghiên cứu khoa học. Trường liên kết đào tạo thạc sỹ với  Đại học Hồng Đức (Thanh Hóa); Đại học Phú Yên (Phú Yên) và Đại học Tiền Giang (Tiền Giang).

     Tính đến nay, Trường đã đào  tạo hàng  trăm  thạc sỹ đáp ứng nhu cầu về nguồn nhân lực chất lượng cao phục vụ cho sự nghiệp phát triển kinh tế xã hội ở khu vực Miền Trung, Tây Nguyên và cả nước. Nhiều học viên sau khi tốt nghiệp giữ chức vụ quan trọng trong các cơ quan quản lý Nhà nước, doanh nghiệp, các cơ sở đào tạo và nghiên cứu khoa học.

Lễ tổng kết và phát bằng Thạc sỹ Kinh tế khóa 2008-2012